(一)辦公室。負責機關日常運轉工作;承擔協調、督辦、文書、檔案、修志、機要、保密、財務、審計、接待、會務等工作;負責機關規章管理制度建設、車輛管理、物資管理、節能減排等后勤保障工作。牽頭辦理人大代表建議、政協委員提案。
(二)規劃發展科(行政審批科)。負責擬訂商務發展戰略、發展規劃、行業規劃和政策措施;組織開展商務領域課題調研;負責起草全區商務領域重要材料、綜合性文稿;負責商務系統的行政審批,統籌推動商貿領域“放管服”改革工作;負責商貿數據綜合統計監測分析、重點項目建設工作。
(三)外貿科。負責指導管理全區對外貿易,推進服務貿易、總部貿易、轉口貿易、加工貿易等發展,實施貿易便利化建設。負責外貿促進體系建設;負責指導和協調外貿秩序、出口商品產業損害調查和出口商品知識產權保護、反傾銷的訴訟工作。指導實施出口知名品牌、進出口基地、外貿綜合服務平臺建設;負責組織協調參加國際性展覽會、貿易洽談會。協調處理企業通關事務。
(四)外資外經科(外商投訴中心)。負責監督、檢查外商投資企業執行有關法律法規情況;承擔外商投資統計工作;負責提供政策咨詢、投訴協調等服務工作;監督管理對外投資、對外勞務合作、對外承包工程等工作;負責外派勞務統計和糾紛投訴調處工作,指導本區赴境外就業人員權益保護工作;組織和協調對外援助項目的實施;牽頭開展商務和物流領域招商引資工作,承擔跨區域合作相關工作。組織協調參加國際國內招商投資洽談會活動。
(五)口岸物流科。牽頭推進內陸開放高地建設,推進國際內陸物流分撥中心、進口商品分撥中心建設;組織開展積極融入“一帶一路”、加快內陸開放高地建設重大問題的政策研究;協調督查內陸開放高地建設工作落實情況。負責推動口岸建設;承擔“單一窗口”建設等工作;負責商務物流體系建設,整合各類通道資源,推動建立多式聯運物流體系;負責商務物流行業管理工作,擬訂商務現代物流業發展戰略、規劃和計劃,協調解決商務現代物流業發展重大問題。促進內外貿融合發展;協同推進中新(重慶)戰略性互聯互通示范項目。
(六)市場體系建設科。負責促進商貿流通業發展、建設城鄉統籌的商貿網絡體系。負責商品流通體系、進口商品分銷體系建設工作;負責推動商貿領域信用建設和優質服務工作;負責重要商品追溯體系建設工作;推動流通標準化和連鎖經營、商圈、特色商業街和社區商業發展;負責農村市場體系建設;統籌指導商業市場、商業網點、商業業態規劃建設工作;負責指導專業市場規劃發展和建設運行工作,承擔批發零售行業管理工作,統籌商貿領域消費促進工作;負責商貿民生工作。承擔食用油、肉類、蔬菜等重要商品保供工作。
(七)現代服務業科。負責電子商務、網絡零售業工作,推動商務領域信息化建設,促進互聯網信息技術在商務領域的推廣應用;推動總部經濟、平臺經濟、共享經濟等新興業態發展;承擔會展工作;負責鄉村商務、品牌建設、富硒產業發展工作;負責住宿餐飲、家政服務業、美容美發業等生活服務行業的管理和職業技能培訓工作。
(八)綜合管理科(安全執法科)。牽頭負責本系統應急、安全、生態環境保護等工作;負責再生資源、舊貨流通、拍賣、“三車(二手車流通、品牌車銷售、報廢汽車回收拆解)”等行業以及按有關規定對酒類等重要商品流通經營的監督管理;負責擬訂藥品流通發展規劃和政策措施;負責成品油經營、儲存日常安全監督管理。負責重點行業和重要商品的行政執法、商務舉報投訴受理、行業監管綜合執法的協調;負責單用途商業預付卡管理;參與打擊商業欺詐等工作。
(九)群眾工作科。承擔本系統信訪穩定、綜治、防邪等工作。負責做好群眾來信來訪接待處理工作,做好群眾來訪事項的登記、受理、上報、歸檔等工作,組織實施本系統信訪問題的調查研究工作。
(十)機關黨委辦公室。負責機關和所屬事業單位的黨務群團和綜合考核工作,負責管理本部門所主管的社會組織黨的建設工作。承擔組織人事、人才、宣傳、教育培訓、統戰、精神文明等黨的建設工作;負責機構編制、紀檢監察、精準扶貧和離退休人員管理服務等工作;負責黨風廉政建設、黨務政務公開工作。